Μόλις είκοσι χιλιόμετρα από το Ρέθυμνο βρίσκεται το χωριό Ρούστικα – σήμερα διαμέρισμα του Δήμου Νικηφόρου Φωκά – και στο νοτιοδυτικό του άκρο, επάνω σε μικρό βραχώδες ύψωμα και μέσα σ’ ένα κατάφυτο τοπίο, η Ιερά Μονή του Προφήτου Ηλιού του Θεσβίτου, μία από τις πλέον ιστορικές της Ιεράς Μητροπόλεως Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου.
Από το Μοναστήρι η θέα είναι πανοραμική. Εκτείνεται σε όλο το βορειοδυτικό τμήμα του νομού Ρεθύμνης μέχρι και του κόλπου της Σούδας. Η Κεντρική Πύλη, πού βρίσκεται στα βόρεια, οδηγεί στη μεγάλη αυλή της Μονής, πού είναι ολόκληρος βράχος πάνω στον οποίο έχει κτιστεί το Καθολικό, ένας Ναός τριμάρτυρος, αφιερωμένος στην Αγία Τριάδα, στην Αγία Ζώνη και στον Προφήτη Ηλία. Ανέκαθεν όμως είναι γνωστός κυρίως ως Ναός του Προφήτου Ηλιού, του Εφόρου και Προστάτου της Μονής.
Το αρχιτεκτονικό σχέδιο του σημερινού Καθολικού προσαρμόζεται προς το γνωστό τύπο της τρίκλιτης βασιλικής, η οποία όμως έχει ένα τρούλλο και μία μόνο αψίδα Ιερού. Στο μεγαλύτερο μέρος του ο Ναός είναι κτισμένος με πελεκητές ασβεστολιθικές πέτρες. Εσωτερικά έχει δύο κιονοστοιχίες, οι οποίες τον διαιρούν στα τρία κλίτη. Το δάπεδο του ιερού είναι κατά τρεις βαθμίδες υπερυψωμένο του κυρίως Ναού, ενώ στο θόλο εικονίζεται ο Παντοκράτωρ, έργο του Ρεθύμνιου ζωγράφου Γαλληνού το 1905. Τα ξυλόγλυπτα του Καθολικού είναι εξαιρετικής τέχνης. Από αυτά αναφέρουμε: τον άμβωνα (1849), τον επισκοπικό Θρόνο (1849), ένα ωραιότατο εικονοστάσι (προσκυνητάρι) με την εικόνα του Προφήτη Ηλία και το εξαίρετο Τέμπλο (1844), έργα του άριστου ξυλογλύπτη Αετού Κατζουράκη, αυταδέλφου του ηγουμένου της Μονής Καλλινίκου, ο οποίος εργάσθηκε με ζήλο επί οκτώ έτη.
Στη βορειοδυτική γωνία του Ναού υπάρχει λίθινη κτιστή σκάλα η οποία οδηγεί στο λαμπρό Κωδωνοστάσιο, πού μαζί με εκείνο της Μονής Αρκαδίου είναι τα μοναδικά βενετσιάνικα κωδωνοστάσια πού σώζονται στην Κρήτη. Αυτό αποτελεί το κυριώτερο λείψανο του παλαιού Καθολικού, πού είχε κτισθεί οπωσδήποτε πριν από το 1637. Βόρεια επίσης του Καθολικού υπάρχει ένα βαθύ πετρόκτιστο πηγάδι βάθους 23 μέτρων και κοντά σ’ αυτό, στη μέση περίπου της αυλής, μια κυκλική τράπεζα η οποία είναι κατασκευασμένη από ένα τεράστιο πελεκητό ασβεστόλιθο. Η τράπεζα αυτή, σύμφωνα με τους μελετητές και την προφορική παράδοση των παλαιοτέρων, χρησιμοποιούνταν για διάφορες εκκλησιαστικές τελετές (Μέγας Αγιασμός των Θεοφανείων, αρτοκλασίες, κλπ). Επιπλέον δυτικά του Καθολικού συναντά κανείς την λίθινη κτιστή Τράπεζα της Μονής, σχήματος ορθογωνίου 18 τετραγωνικών μέτρων με κτιστό πεζούλι. Στην Τράπεζα αυτή κάθονται οι πατέρες της Μονής και φυσικά το πλήθος των προσκυνητών, πού συρρέει κάθε χρόνο κατά το Πανηγύρι του Προφήτη Ηλία στις 20 Ιουλίου.
Γύρω από το Καθολικό σε σχήμα μάνδρας είναι κτισμένα τα κελλιά και οι διάφοροι βοηθητικοί χώροι της Μονής. Από αυτά ξεχωρίζει ο μεγαλοπρεπής ξενώνας, δίπλα ακριβώς στην Τράπεζα, ο οποίος παραμένει ημιτελής από το 1911, οπότε λόγω της διανομής του μεγαλύτερου μέρους της ακίνητης μοναστηριακής περιουσίας και των μετοχίων, η Μονή βρέθηκε σε οικονομική αδυναμία να ολοκληρώσει την οικοδόμησή του. Όλα τα κελλιά έχουν σχήμα ορθογώνιο, είναι διώροφα, με χαμηλές εισόδους και με ευθύγραμμο ή τοξωτό υπέρθυρο. Αυτός ο τρόπος κατασκευής μάς ανάγει ιστορικά στους χρόνους της Τουρκοκρατίας, γι’ αυτό και στερούνται ιδιαίτερου αρχαιολογικού ενδιαφέροντος.
Το Καθολικό έχει παλαιές φορητές εικόνες του 18ου και 19ου αιώνος. Ανάμεσα σ’αυτές διακρίνεται η εφέστιος εικόνα του Προφήτη Ηλία στο περίτεχνο ξυλόγλυπτο προσκυνητάρι. Η μεγάλη αυτή εικόνα (διαστάσεων 1,03 Χ 0,832 μ.) παριστάνει τον Προφήτη και γύρω από αυτόν απεικάζονται 16 σκηνές από τον βίο και τα θαύματά του. Ιστορήθηκε το 1847 από τον Ρεθύμνιο αγιογράφο Αντώνιο Βεβελάκη, με δαπάνες του Καθηγουμένου της Μονής Κυρού Ματθαίου Κιρμιζάκη, όπως μαρτυρεί και η σχετική επιγραφή της. Επίσης εντός του Ιερού φυλάσσονται και άλλα κειμήλια, όπως Ιερά Σκεύη και άμφια, καθώς και Ιερόν Ευαγγέλιον ρωσικής τέχνης μεγάλης αξίας, μικροί αργυρόδετοι ξυλόγλυπτοι σταυροί ευλογίας, λειψανοθήκες με ιερά λείψανα διαφόρων Αγίων καθώς και ένας περίτεχνος χρυσοκέντητος Επιτάφιος ρωσικής επίσης τέχνης. Υπάρχουν ακόμη διάφορα παλαίτυπα – λειτουργικά κυρίως – βιβλία, από τα οποία αξιολογώτερα είναι τα Μηναία, έκδοσης του 1640, καθώς και πολλά και αξιόλογα χειρόγραφα και επίσημα έγγραφα. Αξιομνημόνευτο είναι το χειρόγραφο Ημερολόγιο της Μονής, πού ξεκινά από το 1620.
Εκτός από τη μεγάλη περιουσία στην περιοχή των Ρουστίκων, η Μονή του Προφήτη Ηλία είχε πολλά και πλούσια μετόχια: Ταξιαρχών Καλονύκτι, Αγίων Θεοδώρων Πετρέ, Ταξιάρχου Μιχαήλ Φοινικιάς, και βοσκοτόπια, όπως: Φρυγάνα, Τσιλίβδικα, Ξυλάρες-Πρίνους. Επίσης, στην Μονή Ρουστίκων ανήκε και η Μονή Μυριοκεφάλων, τιμώμενη στο Γενέθλιο της Υπεραγίας Θεοτόκου, την οποία – μετά την καταστροφή πού υπέστη από τους Τούρκους το 1770 – ανοικοδόμησε περί το 1830 ο Χατζή Ματθαίος, ηγούμενος της Μονής των Ρουστίκων, αλλά η αρχική ίδρυσή της αποδίδεται στον Άγιο Ιωάννη Κυργιάννη ή Ξένο (10ος-11ος αι.)
Δυστυχώς, δεν μπορούμε να πούμε με βεβαιότητα πότε ακριβώς ιδρύθηκε η Ιερά Μονή, καθώς αγνοούμε τόσον τον κτήτορα, όσον και τις ιστορικές γενικά συνθήκες της ιδρύσεώς της. Σύμφωνα όμως με στοιχεία πού παραθέτουμε παρακάτω, μπορούμε να πούμε με βεβαιότητα ότι η Μονή των Ρουστίκων υπήρχε ήδη από τα μέσα του 16ου ή τουλάχιστον από τις αρχές του 17ου αιώνα. Συγκεκριμένα, στα αρχεία της Μονής υπήρχαν έγγραφα από το 1587 έως το 1703 περίπου. Πρόκειται περί 43 εγγράφων, τα οποία στάλθηκαν κατά τις αρχές του 20ού αιώνα από τον τότε Επίσκοπο Ρεθύμνης στη Μητρόπολη (νύν Αρχιεπισκοπή) Κρήτης προκειμένου να δημοσιευθούν. Τα έγγραφα αυτά έκτοτε βρίσκονται στη βιβλιοθήκη του Αρχαιολογικού Μουσείου του Ηρακλείου Κρήτης. Τα δέκα πρώτα από αυτά ανάγονται στους χρόνους της ενετικής κυριαρχίας της Κρήτης, και ειδικώτερα μεταξύ των ετών 1587-1645. Τα υπόλοιπα 33 έγγραφα ανήκουν στην εποχή της Τουρκοκρατίας και χρονολογούνται μεταξύ των ετών 1650-1703.
Επίσης η ύπαρξη της Μονής μαρτυρείται σε επίσημο έγγραφο του 1609, το οποίο έγραψε ο νοτάριος Ιωάννης Βλαστός, όπου γίνεται λόγος για δωρεά από το Μερκούριο Βλαστό με μάρτυρα το μοναχό Αναστάσιο Βλαστό. Σε έγγραφο του 1614 αναφέρεται ως πρώτος γνωστός ηγούμενος ο Ακάκιος Βλαστός τον οποίο διαδέχθηκε ο Μητροφάνης Βλαστός. Μεταγενέστερα έχουμε τους ηγουμένους Κοσμά Βλαστό (από το 1645) και Ιερεμία Βλαστό (από το 1655).
Τα ονόματα αυτά, όπως και πολλά ονόματα μοναχών πού φέρουν το όνομα Βλαστός και αναφέρονται σε διάφορα μεταγενέστερα έγγραφα, φανερώνουν ότι η ιστορία της Ιεράς Μονής Προφήτου Ηλιού Ρουστίκων έχει συνδεθεί με την βυζαντινή οικογένεια των Βλαστών, η οποία έδωσε στην Κρήτη αρκετούς επώνυμους άνδρες, λογίους και ιερωμένους. Οικόσημο μάλιστα της οικογένειας των Βλαστών σώζεται στη βόρεια πλευρά του οστεοφυλακίου της Μονής.
Κατά τους χρόνους της Ενετοκρατίας η Μονή έχαιρε σεβασμού και διασώζονται δύο επιγραφές της εποχής αυτής. Η αρχαιότερη, του 1637, βρίσκεται χαραγμένη στην πρόσοψη του εξαίρετου τρίλοβου Κωδωνοστασίου: «ΑΧΛΖ΄ (1637) ΗΟΥΛΗΟΥ. Κ + ΔΕ(Η)ΙΣΙΣ ΚΑΙ ΕΞΟΔΩΣ ΤΟΥ ΔΟΥΛΟΥ ΤΟΥ ΘΕΟΥ ΜΗΤΡΟΦΑΝΟΥ ΙΕΡΟΜΟΝΑΧΟΥ ΒΛΑΣΤΟΥ ΕΙΓΟΥΜΕΝΟΥ». Επίσης, στο υπέρθυρο της εισόδου του περιβόλου της Μονής μία άλλη επιγραφή αναφέρει: «ΑΧΜΑ. ΙΟΥΛΙΟΥ. Λ. ΔΕΗΣΙΣ Κ(ΑΙ) ΕΞΟΔΟΣ ΤΟΥ ΔΟΥΛΟΥ ΤΟΥ ΘΕΟΥ ΜΗΤΡΟΦΑΝΟΥ ΙΕΡΟ / ΜΟΝΑΧΟΥ ΤΟΥ ΒΛΑΣΤΟΥ ΚΑΙ ΚΑΘΗΓΟΥΜΕΝΟΥ ΠΟΤΑΙ ΜΑΡΚΟΜΑΝΟΛΟΠΟΥΛΟΥ». Οι παραπάνω επιγραφές δεν συνιστούν χρονολογίες ανοικοδομήσεως της Μονής, αλλά ενδεχομένως συμπληρώσεως του μοναστηριακού συγκροτήματος με το Κωδωνοστάσιο και την Κεντρική Πύλη αντιστοίχως από τον Ηγούμενο και ανακαινιστή της Μονής Μητροφάνη Βλαστό κατά τη χρονική περίοδο 1630-1640.
Αλλες τρεις επιγραφές συναντούμε σε τρεις παλιές καμπάνες της Ιεράς Μονής, οι οποίες αναφέρονται χρονολογικά στα έτη κατασκευής τους: 1565, 1634 και 1636 αντίστοιχα. Οι καμπάνες αυτές κατασκευάστηκαν στην βόρεια Ιταλία, πιθανότατα στα Μεδιόλανα, και τις αναφέρει στο έργο του «Travels in Crete» ο Αγγλος περιηγητής Robert Pashley, ο οποίος επισκέφθηκε την περιοχή των Ρουστίκων το 1834. Την εποχή εκείνη, σύμφωνα με τη μαρτυρία του Pashley, στο Μοναστήρι εγκαταβιούσαν ο ηγούμενος και 13 ακόμη μοναχοί.
Επειδή η Μονή του Προφήτη Ηλία είχε το προνόμιο να διατηρεί καμπάνα, ο Τούρκος στρατάρχης Χουσείν πασάς την ονόμαζε «Τσαντλί Μοναστήρι». Το προνόμιο αυτό απέκτησε με τη μεσολάβηση του Ρεθύμνιου Νεόφυτου Πατελάρου, Αρχιεπισκόπου Κρήτης, και το διετήρησε για 10 περίπου χρόνια. Μετά την ανάκλησή του όμως διατάχθηκε το κατέβασμα των κωδώνων μεταξύ των ετών 1655-1657.
Στα πρώτα χρόνια της Τουρκοκρατίας η Μονή του Προφήτη Ηλία βρισκόταν σε περίοδο ακμής, αφού οι χριστιανοί της περιοχής αφιέρωναν σ’ αυτή σημαντικές περιουσίες, αλλά και η ίδια προέβαινε σε διάφορες αγορές. Την περίοδο αυτή, και συγκεκριμένα το 1677, οι μοναχοί, ύστερα από ειδική άδεια των τουρκικών αρχών, προχώρησαν στην ανέγερση ξενώνα στο Μοναστήρι. Στις 8 Σεπτεμβρίου 1677, και αφού η κατασκευή του ξενώνα είχε ολοκληρωθεί, ο ιεροδίκης Ρεθύμνου επισκέπτεται τον Προφήτη Ηλία για να γνωμοδοτήσει, αν η κατασκευή είναι σύμφωνη με την άδεια πού είχε δοθεί και υποβάλλει σχετική έγγραφη έκθεση προς τον πασά του Ρεθύμνου. Στη διάρκεια του 18ου αιώνα οι χριστιανοί εξακολούθησαν να αφιερώνουν περιουσίες και αντικείμενα στη Μονή σύμφωνα με έγγραφα πού φυλάσσονται στο αρχείο της.
Οι Τούρκοι δεν είχαν δικαίωμα να αρπάζουν τις περιουσίες των μονών ούτε και να τους επιβάλλουν φόρους, λόγω των προνομίων πού είχαν παραχωρηθεί σ’ αυτές. Τα προνόμια αυτά δεν γίνονταν όμως πάντοτε σεβαστά. Έτσι, με κοινή επιστολή τους της 24ης Οκτωβρίου 1710 προς τον ίδιο τον σουλτάνο οι ηγούμενοι των Ιερών Μονών Προφήτη Ηλία, Αρκαδίου και Αρσανίου ζητούν την απαλλαγή των μοναστηριών τους από τους έκτακτους φόρους και τις αγγαρείες. Φαίνεται ότι το εγχείρημα είχε αποτελέσματα και το 1719 εκδόθηκε σουλτανικό φιρμάνι πού απάλλασσε τους μοναχούς από οποιαδήποτε εισφορά και όριζε να νά μην υποβάλλονται σε καταναγκαστικές εργασίες. Επίσης, το 1776 εκδίδεται σουλτανική διαταγή πού απαγορεύει τις φορολογικές αυθαιρεσίες για τα ανωτέρω τρία μοναστήρια.
Η Ιερά Μονή του Προφήτη Ηλία έγινε Σταυροπηγιακή, για πρώτη φορά το 1713 με ειδικό μολυβδόβουλο πατριαρχικό έγγραφο (σιγγίλιο) του Οικουμενικού Πατριάρχου Κυρίλλου Δ΄ (1711-1713), πού σύμφωνα με τις πηγές υπήρχε στην Μονή μέχρι το 1900. Το δεύτερο Σταυροπηγιακό σιγγίλιο εκ περγαμηνής (τό οποίο βρίσκεται στην Εθνική Βιβλιοθήκη των Παρισίων) το εξέδωσε στις 11 Ιανουαρίου 1778 ο Πατριάρχης Σωφρόνιος Β΄ (1774-1780) και η υπ’ αυτόν δεκαπενταμελής Σύνοδος με την ευκαιρία της ανανεώσεως των σταυροπηγιακών της προνομίων, πού έγινε με αίτημα των μοναχών, προκειμένου να απαλλαγούν από τις δύσκολες περιστάσεις πού προκαλούσαν οι αυθαιρεσίες των κατακτητών. Τέλος, το 1797 ο εθνομάρτυς Πατριάρχης άγιος Γρηγόριος ο Ε΄ και η Δωδεκαμελής Πατριαρχική Σύνοδος εξέδωσε σιγγίλιο γραμμένο επίσης σε περγαμηνή (πού φυλάσσεται μέχρι σήμερα στο αρχείο της Μονής), στο οποίο με βαρυσήμαντους όρους κατοχυρωνόταν για άλλη μια φορά η σταυροπηγιακή ιδιότητα της Μονής του Προφήτη Ηλία. Στο σιγγίλιο αυτό διασώζεται ακόμη η ιστορική μολύβδινη σφραγίδα του Οικουμενικού Πατριάρχου αγίου Γρηγορίου του Ε΄.
Σπουδαία υπήρξε η εθνική δράση της Μονής και η συμβολή της σε όλους τους απελευθερωτικούς αγώνες του Γένους. Ήταν το καταφύγιο των επαναστατών, τους οποίους εφοδίαζε με όπλα και τρόφιμα πού η Μονή αγόραζε. Στο αρχείο της Μονής σώζεται ένα μυστικό κατάστιχο, στο οποίο είναι γραμμένες οι ποσότητες μπαρουτιού και άλλων πολεμοφοδίων πού μοιράζονταν στους επαναστάτες κατά τα χρόνια της Επανάστασης του 1821. Από αυτό το έγγραφο προκύπτει και η συνεργασία της Μονής με το Αρκάδι και το Γενικό Επαναστατικό Συμβούλιο. Γι’ αυτό πυρπολήθηκε και καταστράφηκε από τον τουρκικό στρατό στα τέλη Σεπτεμβρίου του 1823, κατά τη διάρκεια των επιχειρήσεων του Χουσείν Μπέη, οπότε χάθηκε μεγάλο μέρος του αρχείου της Μονής και αποτεφρώθηκαν τα κελλιά και όλοι οι άλλοι χώροι της Μονής εκτός από το Καθολικό.
Σύμφωνα με τον Αριστείδη Ε. Παναγιωτάκη, η Ιερά Μονή «ετροφοδότησε τις εκάστοτε Επαναστάσεις με άνδρες, με πολεμοφόδια και τρόφιμα. Εδώ εφούντωνε η φλόγα της ελευθερίας· απ’ εδώ ξεκινούσαν, με καινούργιο μένος, οι οπλαρχηγοί, καλόγηροι και μή, για την απόκτησί της: το 1828 ο καπετάν Συμεών, μοναχός. Το 1889 ο καπετάν Μανασσής, μοναχός. Το 1912 ο Ιερόθεος Πετράκις, Ιεροδιάκονος, οι Ιωακείμ Δουλγεράκις και Ιωαννίκιος Γρυντάκις, μοναχοί (σ.σ.: Μακεδονομάχοι)».
Γύρω στα 1830 ο ηγούμενος της Μονής Συμεών Καβάκης, εκμεταλλευόμενος την πιο ανεκτική στάση της αιγυπτιακής διοίκησης, κατάφερε να πάρει άδεια επισκευής του κατεστραμμένου μοναστηριού. Ο πριν από το 1637 μικρότερος ναός γκρεμίστηκε, εκτός από το παλιό κωδωνοστάσιο, καθώς κρίθηκε ανεπαρκής για τις λειτουργικές ανάγκες της Μονής, και στη θέση του χτίστηκε ο σημερινός ναός το 1831, όπως μαρτυρεί η αναθηματική επιγραφή, πού είναι εντειχισμένη στη βόρεια πλευρά του Καθολικού: «ΑΩΛΑ ΜΗΝΙ… ΑΝΗΓΕΡΘΗ ΕΚ ΒΑΘΡΩΝ Ο ΝΑΟΣ ΟΥΤΟΣ ΑΝΕΥ ΤΟΥ ΚΑΜΠΑΝΑΡΙΟΥ ΕΞ ΙΔΙΑΣ ΔΑΠΑΝΗΣ ΑΥΤΟΥ ΣΥΝΕΡΓΙΑΣ ΚΑΙ ΣΥΝΔΡΟΜΗ(Σ) ΤΙΝΩΝ ΧΡΙΣΤΙΑΝΩΝ». Στο δύσκολο αυτό έργο της ανοικοδομήσεως του νέου μεγαλοπρεπέστερου Καθολικού της Μονής συνέβαλε, εκτός από τον ηγούμενο Συμεών και ο δραστήριος ιερομόναχος και μετέπειτα ηγούμενος Χατζή Ματθαίος Κιρμιζάκης. Η παράδοση θέλει τον Χατζή Ματθαίο να περιέρχεται τα χωριά, για να συγκεντρώσει τα απαιτούμενα ποσά της ανακατασκευής. Τα εγκαίνια του νέου ναού έγιναν στις 25 Σεπτεμβρίου 1832 από τον Επίσκοπο Λάμπης και Σφακίων Νικόδημο. Στη συνέχεια χτίστηκαν και τα άλλα παραρτήματα της Μονής (κελλιά, αποθήκες, ηγουμενείο, κλπ).
Επί της ηγουμενίας του Χατζή Ματθαίου έλαβε χώρα και ένα εντυπωσιακό γεγονός, πού υποδηλώνει τη σχέση αφιέρωσης και αφοσίωσης των μοναχών προς τη Μονή της μετανοίας τους. Το 1841 και οι 25 τότε πατέρες της Μονής με κοινό αποδεικτικό και βεβαιωτικό γράμμα δωρίζουν όλη την προσωπική τους περιουσία στην Ιερά Μονή Προφήτη Ηλία.
Η εθνική προσφορά της Μονής συνεχίστηκε και κατά την Επανάσταση του 1866. Όπως αναφέρει στα Απομνημονεύματά του ο οπλαρχηγός Χατζή Μιχάλης Γιάνναρης, στις αρχές Μαίου του 1866 επιτροπή υπό την ηγεσία του ίδιου, πηγαίνοντας για το Αρκάδι, φιλοξενήθηκαν για δύο ημέρες στην Μονή και από αυτήν απέστειλαν επιστολές προς τους προκρίτους των επαρχιών Αγίου Βασιλείου και Αμαρίου προσκαλώντας το λαό σε συνάθροιση στη Μονή Αρκαδίου. Κατά την παραμονή του στο μοναστήρι, οργάνωσε απόσπασμα από 30 άνδρες μοναχούς και Ρουστικιανούς, με αρχηγό τον Φουντουλομανώλη, προκειμένου μαζί με άλλους καπεταναίους να σπεύσουν προς βοήθεια των αγωνιστών του Αρκαδίου. Αξιοσημείωτο είναι ότι και ο Μουσταφά Πασάς, πριν και μετά το ολοκαύτωμα της μαρτυρικής Μονής, διανυκτέρευσε στο Μοναστήρι του Προφήτη Ηλία, σύμφωνα με τη μαρτυρία πού έδωσε στον επίσκοπο Τιμόθεο Βενέρη ο αδελφός της Μονής αρχιμ. Αγαθάγγελος Βερνάρδος, πού ήταν τότε καλογεροπαίδι 12 ετών.
Επίσης, μερικές πηγές αναφέρουν ότι η Μονή του Προφήτη Ηλία προσέφερε υπηρεσίες περίθαλψης σε τραυματίες επαναστάτες και έγινε νοσοκομείο πρώτων βοηθειών για τους τραυματίες της Μάχης του Βρύσινα, πού έγινε στις 3 Οκτωβρίου 1866. Στα τέλη του ίδιου μήνα πραγματοποιήθηκε μια συνέλευση της Επαναστατικής Επιτροπής Ρεθύμνου στη Μονή Προφήτη Ηλία.
Λόγω της έντονης αυτής δραστηριοποίησης της Μονής στους εθνικούς αγώνες, το 1877 οι Τούρκοι υποχρέωσαν τον Πατριάρχη Ιωακείμ Β΄ να ασκήσει πίεση στον ηγούμενο, ώστε να απέχει στο εξής από κάθε επαναστατική ενέργεια. Παρά τις πιέσεις, η Ιερά Μονή δεν έπαψε να παρέχει κάθε δυνατή βοήθεια στους επαναστάτες αγωνιστές, πού έκτοτε εγκαταστάθηκαν στο Μετόχι της Μονής, την Παναγία των Μυριοκεφάλων, και περίμεναν την απάντηση του Σουλτάνου στο αίτημά τους για ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα.
Το 1881 η Μονή του Προφήτη Ηλία είχε 17 μοναχούς και 15 εργαζομένους λαϊκούς στα μοναστηριακά κτήματα, σύμφωνα με την «Στατιστική του πληθυσμού της Κρήτης», πού συνέταξε ο Σταυράκης. Ήταν δηλαδή μία από τις μεγαλύτερες Μονές του νησιού την περίοδο εκείνη.
Κατά την Επανάσταση του 1896 ο αρχιμ. Αγαθάγγελος Βερνάρδος, διδάσκαλος, και οι λοιποί αδελφοί της Ιεράς Μονής Ρουστίκων αποφασίζουν όλη η οικονομική δυνατότητα του Προφήτη Ηλία να τεθεί στη διάθεση της Επανάστασης. Μάλιστα επειδή δεν ήταν δυνατόν να επαρκέσουν ούτε τα εισοδήματα ούτε τα χρήματα της Μονής για αυτές τις δαπάνες, το Ηγουμενοσυμβούλιο με απόφασή του συνήπτε ακόμη και δάνεια από ιδιώτες και έτσι ανταπεξήλθε μέχρι το τέλος στις ανάγκες του απελευθερωτικού αγώνα των Κρητών. Ο Αγαθάγγελος επισκέφθηκε όλα τα χωριά μέχρι και το Αρκάδι με σκοπό να οργανώσει και να γενικεύσει την Επανάσταση. Πολυάριθμοι επαναστάτες συγκεντρώθηκαν στο Μοναστήρι και αφού έγινε Παράκληση στο Καθολικό του Προφήτη Ηλία, προμηθεύτηκαν τα αναγκαία εφόδια και ξεκίνησαν για την οχυρή θέση στο χωριό Καλονύκτη, κοντά στη Μονή, όπου ακολούθησε κρίσιμη μάχη με τους Τούρκους.
Κατά τη διάρκεια της τελευταίας δοκιμασίας της χώρας μας (γερμανική Κατοχή) οι Πατέρες της Μονής του Προφήτη Ηλία, με κίνδυνο της ζωής τους, διαφύλαξαν σε κρύπτη του Μοναστηριού και διέσωσαν το πολύτιμο Ιστορικό Αρχείο Κρήτης, το οποίο μετέφερε προσωπικά ο Καθηγητής Ν. Τωμαδάκης, συσκευασμένο σε μεγάλα κιβώτια, και το παρέδωσε στον εκ Ρουστίκων ηγούμενο της Μονής Αρχιμανδρίτη Ιερόθεο Πετράκη.
Η συμβολή της Ιεράς Μονής Προφήτη Ηλία στην πνευματική καλλιέργεια των Ρεθυμνίων υπήρξε τεράστια. Κατά την παράδοση, στην εποχή της Τουρκοκρατίας λειτουργούσε στο χώρο της Μονής άτυπο σχολείο, στο οποίο μάθαιναν τα στοιχειώδη γράμματα μικροί μαθητές των κοντινών χωριών. Το 1808 η Μονή έλαβε πατριαρχικό έπαινο για τη μεγάλη της χρηματική συνεισφορά υπέρ των σχολείων της περιφέρειας Ρεθύμνου. Στην περίοδο της αιγυπτιοκρατίας οι αρχές επέτρεψαν την ίδρυση πολλών ελληνικών σχολείων. Σημαντική συνεισφορά στις δαπάνες για τη χρηματοδότηση των σχολείων αυτών είχαν τα κατά τόπους Μοναστήρια, μεταξύ των οποίων και η Μονή Προφήτη Ηλία, όπως προκύπτει και από σχετικό έγγραφο του 1836. Το 1864 η Μονή διέθεσε ένα σημαντικό ποσό για την ανέγερση παρθεναγωγείου στο Ρέθυμνο. Δύο ανέκδοτα πατριαρχικά έγγραφα της 26ης Ιουλίου 1861 και της 20ής Απριλίου 1865 καταδεικνύουν ότι η Μονή βοηθούσε ταυτόχρονα τα σχολεία της Επαρχίας και της Πόλης του Ρεθύμνου. Επίσης, η Ιερά Μονή των Ρουστίκων βοήθησε πολλούς φιλομαθείς νέους στη συνέχιση των σπουδών τους και ανέδειξε λόγιους ηγουμένους και μοναχούς, πολλοί από τους οποίους υπήρξαν και γενναίοι αγωνιστές.
Μετά την Τουρκοκρατία η Ιερά Μονή ανακαινίζεται κτιριακά και παράλληλα νέοι άνθρωποι έρχονται να μονάσουν σ’ αυτή. Οι πατέρες αυτοί γίνονται συνεχιστές και ενσαρκωτές της κληρονομιάς των προηγούμενων πατέρων. Τέλος, στις αρχές του 20ού αιώνα το μοναστήρι «εξήνθησε ωσεί κρίνον», με μοναχούς, οι οποίοι με τη ζωή και το έργο τους σηματοδότησαν και εσφράγισαν την πορεία του, με τελευταίο της παλαιάς φρουράς τον Γέροντα Ευμένιο Λαμπάκη, ηγούμενο της Μονής από το 1963 έως το 2005.
Σήμερα η Ιερά Μονή Προφήτη Ηλία Ρουστίκων παραμένει ανδρώα και αριθμεί 3 μοναχούς με ηγούμενο τον Αρχιμανδρίτη Ιωάννη Κουφουδάκη.
Πηγές και βοηθήματα:
1. Γ.Β. Αντουράκη, «ΑΙ ΜΟΝΑΙ ΜΥΡΙΟΚΕΦΑΛΩΝ ΚΑΙ ΡΟΥΣΤΙΚΩΝ ΚΡΗΤΗΣ ΜΕΤΑ ΤΩΝ ΠΑΡΕΚΚΛΗΣΙΩΝ ΑΥΤΩΝ», ΑΘΗΝΑΙ 1977
2. Εμμανουήλ Ζαμπετάκη, Δ.Φ., εκπαιδευτικού συμβούλου, «Η ΙΕΡΑ ΜΟΝΗ ΠΡΟΦΗΤΟΥ ΗΛΙΑ ΡΟΥΣΤΙΚΩΝ ΡΕΘΥΜΝΗΣ», ανάτυπο εκ του τεύχους Ιουλίου-Δεκεμβρίου 1973 του περιοδικού της ιστορικής-λαογραφικής εταιρίας Νομού Λασιθίου «ΑΜΑΛΘΕΙΑ»
3. Κοσμά Ι. Παυλάκη, «ΤΑ ΡΟΥΣΤΙΚΑ ΣΤΗΝ ΙΣΤΟΡΙΟΓΡΑΦΙΑ», ΑΘΗΝΑ 2004
4. Αριστείδου Ε. Παναγιωτάκη, «Η ΖΩΗ ΤΟΥ ΧΩΡΙΟΥ ΜΟΥ – ΤΑ ΡΟΥΣΤΙΚΑ (ΗΘΗ-ΕΘΙΜΑ-ΕΟΡΤΑΙ-ΠΑΝΗΓΥΡΙΑ-ΙΣΤΟΡΙΑ)», ΑΘΗΝΑΙ 1972
5. Ν. Ψιλάκη, «ΤΑ ΜΟΝΑΣΤΗΡΙΑ ΤΗΣ ΚΡΗΤΗΣ-ΜΟΝΗ ΠΡΟΦΗΤΗ ΗΛΙΑ ΡΟΥΣΤΙΚΩΝ», έκδ. Τράπεζας Κρήτης, ΑΘΗΝΑ 1986
6. Απόστολου Ν. Μπουρνέλη, Δρος Θεολογίας ΑΠΘ, «Η ΟΡΘΟΔΟΞΗ ΜΑΡΤΥΡΙΑ ΤΗΣ ΙΕΡΑΣ ΜΟΝΗΣ ΠΡΟΦΗΤΗ ΗΛΙΑ ΡΟΥΣΤΙΚΩΝ ΡΕΘΥΜΝΗΣ», ΡΕΘΥΜΝΟ 1995
7. Στέργιου Γ. Σπανάκη, «ΚΡΗΤΗ, β΄ τόμος: ΤΟΥΡΙΣΜΟΣ-ΙΣΤΟΡΙΑ-ΑΡΧΑΙΟΛΟΓΙΑ», ΗΡΑΚΛΕΙΟ ΚΡΗΤΗΣ
8. Παναγιώτη Μαρεντάκη, Θεολόγου, «ΕΥΜΕΝΙΟΣ, Ο ΓΕΡΟΝΤΑΣ ΤΗΣ ΚΡΗΤΗΣ», ΧΑΝΙΑ 2007
